14.0.0 版本更新说明:
推出 Chemical Space Docking™:
SeeSAR 14 'Atlas' 引入了一种全新的虚拟筛选范式,颠覆了数十年来的传统概念,开启了药物发现的新时代。通过利用数十亿到万亿规模的合成可达组合化学空间的潜力,Chemical Space Docking™ 成为了一种高效且经济的方法,可以从这些超大规模的化学空间中检索相关化合物,进入目标结构的结合位点。
主要功能
- 空间对接模式:Chemical Space Docking 现已作为 SeeSAR 的专用模式提供。
- HPSee 2.0 集成:成功执行 Chemical Space Docking 需要安装和设置 HPSee 2.0 'Electra'。
- 化学空间管理:通过 HPSee 仪表板上传和管理化学空间(来自 BioSolveIT 或内部),以便在 SeeSAR 中无缝访问。
Chemical Space Docking 工作流程
- 蛋白质准备:在 SeeSAR 中加载蛋白质并定义结合位点。
- 空间选择:在空间对接模式中选择可用的化学空间。需要事先将空间上传到 HPSee 才能在 SeeSAR 中使用。
- 工作流启动:通过点击 "I/O" 按钮开始 Chemical Space Docking 过程。
- 结合位点增强(可选):使用药效团约束和/或模板分子增强结合位点定义。
- 锚定步骤:启动锚定步骤以识别初始片段位置。
- 扩展步骤:选择合适的片段进行扩展 1 和后续步骤,直到生成所需的完整分子。
重要说明
- 空间对接模式中的数据表(除 "结果" 步骤外)显示服务器端数据,不会保存到 SeeSAR 的本地项目数据库中。
- 重新启动工作流中的某个步骤 将删除该步骤及其后续步骤的现有数据。
SeeSAR 14.0 的其他增强功能
用户界面和可视化
- 专用模板区域:对接和相似性扫描模式现在具有专门的模板分子区域,改善了数据表中的视觉和功能区分。
- 可折叠的数据表条目:数据表条目可以折叠和重新打开,优化屏幕空间使用。
- 增强的裁剪:3D 裁剪显著改进,现更名为 "目标裁剪",对裁剪组件有精细的控制,默认裁剪表面和链。
文件处理和互操作性
- PDBx/mmCIF 支持:原生导入和导出 PDBx/mmCIF 格式的文件。与 SeeSAR 14.0 关联的命令行工具,包括 FlexX 6.2、Hydescorer 2.2、FlexS 5.2 和 FastGrow 1.3,现在支持 mmCIF 格式的文件作为输入。
- 多蛋白-配体复合物导出:从 Analyzer、Inspirator 和对接模式中导出多个蛋白-配体复合物为 .cif 或 .pdb 格式,便于下游分析(如 MD 模拟)的准备。
- SeeSAR-infiniSee 兼容性:"收藏夹" 和 "注释" 从 infiniSee 导出为 SD 文件并在 SeeSAR 中加载时保留,反之亦然。
稳定性和性能改进
- 许可服务器警报:用户在失去与许可服务器的连接后 5-7 分钟内会收到通知,防止意外关闭。